Tác động chính của con người đối với san hô nước sâu là từ hoạt động đánh bắt dưới nước sâu. Các tàu đánh cá kéo lưới qua đáy đại dương, làm xáo trộn trầm tích, phá vỡ và phá hủy san hô nước sâu. Một phương pháp có hại khác là câu cá bằng dây dài.

Việc thăm dò dầu khí cũng làm tổn hại đến san hô nước sâu. Một nghiên cứu được thực hiện vào năm 2015 cho thấy rằng tổn thương được quan sát thấy trong quần thể ở Hẻm núi Mississippi ở Vịnh Mexico đã tăng từ 4 đến 9% trước khi xảy ra vụ tràn dầu Deepwater Horizon lên 38 đến 50% sau đó (Etnoyer và cộng sự, 2015).

San hô nước sâu phát triển chậm, vì vậy quá trình phục hồi mất nhiều thời gian hơn so với ở vùng nước nông, nơi chất dinh dưỡng và động vật cung cấp thức ăn dồi dào hơn nhiều.

Trong một nghiên cứu từ năm 2001 đến 2003, một nghiên cứu về rạn san hô Lophelia pertusa ở Đại Tây Dương ngoài khơi Canada đã phát hiện ra rằng san hô tại đây thường bị gãy theo những cách không tự nhiên. Và đáy đại dương cho thấy những vết sẹo và những tảng đá bị lật do lưới kéo.[21]

Ngoài các ngoại lực được quản lý này, các rạn san hô nước sâu cũng dễ bị tổn thương bởi các ngoại lực không thể quản lý (ví dụ như axit hóa đại dương) và để bảo vệ các môi sinh này lâu dài thì các phương pháp đánh giá rủi ro tương đối của các áp lực khác nhau đang được thúc đẩy.[22]